Gromadzimy solniczki od 1973 roku, w ostatnim okresie zwracając uwagę przede wszystkim na cenne i wyjątkowe obiekty. Obecnie kolekcja liczy 1000 zabytków, powstałych od XV wieku. Obejmuje solniczki z porcelany, złota, srebra, cyny, szkła, drewna i fajansu, jak również kości, kwarcu i macicy perłowej. W bardzo zróżnicowanym zbiorze znajdują się solniczki pojedyncze, występujące parami, w kompletach do przypraw, a także pochodzące z zastaw stołowych. Są to głównie wyroby znanych europejskich wytwórni: niemieckich, rosyjskich, francuskich, angielskich, austriackich i polskich. Dzieła barokowe, klasycystyczne, empirowe, secesyjne i współczesne. Najcenniejsze solniczki pozyskano drogą zakupów na międzynarodowych targach sztuki TEFAF w Maastricht.
Należy do nich, jedyna tego typu w Europie, kolekcja dawnych maszyn wyciągowych, tzw. kieratów.
Okazy geologiczne do obecnych zbiorów rozpoczęto gromadzić jeszcze przed oficjalnym otwarciem Muzeum. Według aktualnego inwentarza liczba okazów znacznie przekracza tysiąc sztuk.
Zbiory sztuki i etnografii obejmują malarstwo, rzeźbę, grafikę, numizmaty, wyroby rzemiosła artystycznego i ludowego oraz inne obiekty związane z historią górnictwa i kulturą górniczą, a w szczególności zabytki pochodzące z dawnych kaplic podziemnych, gromadzone stopniowo dzięki prowadzonej penetracji i inwentaryzacji kopalni.
Zbiór kartograficzny obejmuje mapy i plany z XVII – XX w., w większości związane z kopalnią soli w Wieliczce. Niewielka część dotyczy kopalni w Bochni.
Muzealna kolekcja fotografii ma w swoich zasobach zdjęcia wykonane m.in przez Awita Szuberta (autor najstarszych zdjęć wielickiej kopalni z 1892 r.), Jana Czerneckiego, Władysława Gargula, Stanisława Muchę, Henryka Poddębskiego oraz Alfonsa Długosza.
Jan Czernecki swoją przygodę z tajemnicami kopalni wielickiej rozpoczął już pod koniec XIX wieku. W latach 1908-1910 na zlecenie władz salinarnych wykonał ponad kilkadziesiąt fotografii dokumentujących majątek nieruchomy Saliny Wielickiej. Przechowywane dziś w Muzeum 53 fotografie nieustannie urzekają i skłaniają do refleksji nad przeszłością i przemijającym czasem.